Tanto en eMule como en aMule la búsqueda de archivos significa solicitarle a los servidores almacenados en la lista que nos digan si conocen alguna máquina cliente que posea un archivo con nombre similar. Por ejemplo, si buscamos GNU/Linux aparecerán varias distribuciones de este sistema operativo libre y algunas películas relativas.
Para hacernos una idea de la red eD2k es bueno saber que los servidores no almacenan los archivos de video, música, textos y otras cosas que generalmente buscamos en redes P2P, sino que generan y guardan las listas de archivos de los usuarios que están conectados.
Es decir que cuando nos conectamos a la red brindaremos a un servidor nuestra lista de archivos compartidos y de tal forma otro usuario en cualquier parte del mundo tendrá lo ofrecido por nosotros a su disposición. Los servidores sirven entonces como nexo o nodo.
Dado que las búsquedas generales (ejemplo: “Linux”) provocan un alto gasto de capacidad de procesamiento en los servidores, es recomendable ser amable y realizar búsquedas precisas (ejemplo: “Debian GNU/Linux”). eMule busca como máximo 201 resultados salvo que la versión del cliente y el servidor soporten compresión gzip, en tal caso se buscarán 300. Estos límites podrían variar en el futuro cercano.
Dentro de las opciones de búsqueda podremos refinar el proceso mediante las “Opciones Extendidas”, así por ejemplo si buscamos música dejaremos en claro que el “Tipo de archivo” es Audio, el tamaño mínimo probablemente sea 2 MB, y la extensión mp3, ogg, wav o flac.
En cuanto al método de búsqueda, eMule soporta los métodos Automático, Servidor (buscará sólo en el servidor al cual nos hemos conectado), Global (buscará en todos los servidores que se encuentren listados), Kad (buscará en la red descentralizada y quizá tarde un tanto más) o Filedonkey (el cual está basado en web). Se recomienda en general utilizar el método Global.
A modo de ejercicio sería bueno realizar una búsqueda con las opciones extendidas tal como se ve en la captura de pantalla:

Luego de que el programa devuelva los resultados, podemos por ejemplo presionar en el título de la columna “Fuentes” y así seremos capaces de elegir entre los archivos que se descargarán más rápidamente a nuestro disco rígido.
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